我家的农田二十年前租出去了，人家建了个超市，现在到期了，但是人家不愿意拆除

农田租给别人建超市，改变了土地用途，这本身可能就不合法。到期后对方不愿拆除，你可以先和对方协商，明确指出合同已到期，对方应按约定拆除。若协商不成，你能收集好当初的租赁合同、土地权属证明等证据，去法院起诉，要求对方拆除超市、恢复土地原状，还可主张赔偿因对方不拆除造成的损失。
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若租户愿意补偿，双方可协商确定补偿金额及支付方式。具体操作包括：1.评估超市价值，作为补偿依据；2.协商确定补偿金额及期限；3.签订书面协议，明确补偿条款及拆除时间；4.按协议执行，确保双方权益。
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针对您提出的问题，如果农田租赁合同中未明确约定到期后建筑物的处理方式，根据《农村土地承包法》等相关法律原则，您作为出租人有权要求租户在合同到期后拆除其擅自建造的超市，恢复土地原状。这是因为土地上建筑物的存在可能影响到您对土地的正常使用。但实际操作中，建议先行协商，协商不成再考虑法律途径，并需遵循相关法律规定进行拆除工作。
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从法律角度，您首先应查阅租赁合同，明确双方权利义务。若无明确约定，可依据《农村土地承包法》要求租户拆除超市。协商时，建议录音或录像，确保协商内容有据可查。如协商不成，可寻求法律途径，如起诉至法院，要求租户履行拆除义务并赔偿损失。同时，注意保留好相关证据，如租赁合同、土地权属证明等。